5 ngày sau khi UBND TP. Hà Nội phê bình nhắc nhở, ngày 27/3/2012, ông Nguyễn Quốc Hùng, Giám đốc Sở GTVT đã ký văn bản số 364/BC-SGTVT báo cáo UBND TP. Hà Nội tình trạng trông giữ xe và hiện trạng quản lý - sử dụng gầm đường cao tốc khu vực cầu Thanh Trì - Nguyễn Xiển.

UBND TP. Hà Nội có công văn số 5144/PUB-GT ngày 12/10/2010 về việc tiếp nhận bàn giao vận hành tuyến đường gom và một số hạng mục của cầu Thanh Trì và đoạn tuyến Nam Vành đai 3. Thành phố giao trực tiếp cho Công ty Khai thác điểm đỗ xe Hà Nội thuộc Tổng Công ty Vận tải Hà Nội tiếp nhận từ Tổng Cục đường bộ Việt Nam, BQLDA Thăng Long để quản lý phần diện tích gầm cầu sử dụng làm bãi đỗ xe. Sở GTVT căn cứ chức năng quản lý nhà nước cấp phép tạm thời khi đủ điều kiện.

Theo hồ sơ pháp lý về việc tiếp nhận bàn giao vận hành tuyến đường gom và một số hạng mục của cầu Thanh Trì và đoạn tuyến Nam Vành đai 3 Hà Nội, khu vực gầm cầu gồm 193 khoang với tổng diện tích là 193.838m². Qua kiểm tra thực tế phần gầm cầu có thể sử dụng được để trong xe là 72 khoang với tổng diện tích là 61.300m², còn lại phần diện tích không sử dụng được làm bãi trông giữ xe là 121 khoang gồm các khu vực phía bờ bắc, ngoài bãi sông Hồng hiện đang quây rào tạm để chống lấn chiếm chống đổ phế thải”.

Không xác nhận việc phần lớn diện tích gầm cầu đang bị sử dụng sai mục đích, hoặc đem cho tư nhân thuê, nhưng Sở GTVT cũng kiến nghị TP. Hà Nội thu hồi toàn bộ phần diện tích với nội dung: “Sau khi kiểm tra rà soát thực tế, thống nhất với nội dung công văn số 298/BC-CAHN-PVII ngày 13/3/2013 của Công an TP. Hà Nội về việc báo cáo kết quả kiểm tra trông giữ phương tiện gầm đường cao tốc trên cao, Sở GTVT xin kiến nghị Thành phố chỉ đạo:

Kiến nghị xóa sổ cảnh “xẻ thịt” hàng trăm nghìn m2 gầm cầu Thăng Long

Về hiện trạng quản lý - sử dụng gầm cầu Thăng Long, Sở GTVT kết luận: “Hiện nay, một số vị trí gầm cầu đang là nơi trông giữ phương tiện của Công ty quản lý đường sắt Hà Thái và một số vị trí do người dân tự ý lấn chiếm dựng kho lán, bày bán kinh doanh gây mất an toàn cho công trình cầu, trật tự giao thông, vệ sinh môi trường và cảnh quan đô thị. Đặc biệt là khu vực gầm cầu phía nam Thăng Long (đoạn từ An Dương đến đường Phạm Văn Đồng). Đây là tuyến đường quan trọng phục vụ chính trị và ngoại giao từ sân bay Nội Bài về trung tâm Thành phố”.